Apesar de não terem o estatuto de órgãos, a atividade da ESSAlcoitão baseia-se na atividade desenvolvida pelos seus Departamentos, como definido no CAPÍTULO V dos Estatutos.

Nos termos do artigo 36.º (Natureza): 1 – Os departamentos são unidades estruturais essenciais da área académica correspondentes às áreas científicas em que a ESSAlcoitão intervém e às quais são afetos os recursos humanos e materiais necessários ao desenvolvimento da sua atividade operacional, incumbindo-lhes o seu desenvolvimento científico e pedagógico, técnico e cultural, de forma a viabilizar a prossecução com continuidade da Escola nas áreas do ensino, da investigação, da formação contínua, formação técnico superior profissional e pós-graduada e de prestação de serviços à comunidade. 2 – Para a realização dos objetivos referidos no número anterior, a ESSAlcoitão disporá, desde já, dos seguintes departamentos:

a) Departamento de Fisioterapia;
b) Departamento de Terapia Ocupacional;
c) Departamento de Terapia da Fala;
d) Departamento de Política e Trabalho Social.

Segundo o artigo 37.º (Composição): 1 —Cada departamento será integrado por todos os docentes da Escola cujas funções correspondem à área científica a que o departamento corresponde, exercendo atividades ou desenvolvendo projetos no âmbito do ensino, investigação e prestação de serviços. 2 — Todo o pessoal docente e de investigação da ESSAlcoitão deverá estar afeto a um dos departamentos existentes ou a criar, de acordo com a área científica em que exerce a sua atividade. 3 — Poderá também o conselho de gestão afetar aos departamentos recursos humanos de outra natureza que deem apoio técnico e administrativo às atividades do departamento.

Como referido no artigo 38.º (Organização e competências): 1 – Cada departamento terá um diretor, a nomear pelo conselho de gestão, ouvido o conselho técnico-científico que, deverá ser detentor do grau de doutor ou do título de especialista, em regime de tempo integral e dedicação plena, a quem compete a gestão técnico-científica, pedagógica e administrativa dos cursos enquadrados no respetivo departamento. 2 – O diretor do departamento é equiparado à categoria de professor coordenador durante o exercício das funções, para efeitos remuneratórios. 3 – Com respeito pelos princípios definidos nos documentos orientadores da ESSAlcoitão, os diretores dos departamentos são responsáveis no plano da orientação científica e pedagógica perante o conselho técnico-científico e reportam ao conselho de gestão nos restantes planos. 4 — Ao diretor de departamento compete essencialmente:

a) Assegurar a gestão dos respetivos cursos;
b) Propor ao Conselho Técnico-científico a distribuição do serviço docente;
c) Coordenar, orientar e gerir os recursos humanos postos à disposição do departamento promovendo o seu desenvolvimento académico, de modo a assegurar a prossecução das finalidades da ESSAlcoitão no domínio do ensino, da investigação e da ação externa;
d) Gerir os recursos materiais e técnicos postos à disposição do departamento, mantendo atualizado o respetivo inventário;
e) Zelar pela conservação e manutenção das instalações e outros bens afetos ao funcionamento do departamento;
f) Propor a contratação de docentes;
g) Planear e propor anualmente, em colaboração com o secretário executivo, a aquisição dos materiais e equipamentos técnicos necessários à atividade letiva e à investigação;
h) Elaborar o plano e o relatório anuais de atividades do departamento e submetê-lo à aprovação dos conselhos de gestão e científico;
i) Propor a designação de responsáveis de cursos ou de projetos sempre que tal lhes for solicitado em função das necessidades da ESSAlcoitão.

O mandato dos diretores de departamento é de dois anos, renováveis. (artigo 39.º).