Apesar de não terem o estatuto de órgãos, a actividade da ESSA baseia-se na actividade desenvolvida pelos seus Departamentos, como definido no CAPÍTULO V dos Estatutos. Nos termos do artigo 35º: 1 – Os departamentos são unidades estruturais essenciais da área académica correspondentes às áreas científicas em que a ESSA intervém e às quais são afectos recursos humanos e materiais necessários ao desenvolvimento da sua actividade operacional, incumbindo-lhes o seu desenvolvimento científico e pedagógico, de forma a viabilizar a prossecução com continuidade da Escola nas áreas do ensino, da investigação e de prestação de serviços à comunidade. 2 – Para a realização dos objectivos referidos no número anterior, a ESSA disporá, desde já, dos seguintes departamentos:

• Departamento de Fisioterapia;
• Departamento de Terapia Ocupacional;
• Departamento de Terapia da Fala;
• Departamento de Politica e Trabalho Social.

Segundo o artigo 36º (Composição): 1 – Cada departamento será integrado por todos os docentes da Escola cujas funções correspondam à área científica a que o departamento corresponde, exercendo actividades ou desenvolvendo projectos no âmbito do ensino, investigação e prestação de serviços. 2 – Todo o pessoal docente e de investigação da ESSA, deverá estar afecto a um dos departamentos existentes ou a criar, de acordo com a área científica em que exerce a sua actividade. Como referido no Artigo 37º: 1 – Cada departamento terá um Coordenador, a nomear pelo Conselho de Gestão, ouvido o Conselho Técnico-Científico que deverá ser, sempre que for possível, um professor coordenador. 2 – Os Coordenadores dos Departamentos reportam ao Conselho de Gestão. 3 – Ao Coordenador de Departamento compete essencialmente:

• Assegurar a gestão dos respectivos cursos;
• Coordenar, orientar e gerir os recursos humanos postos à disposição do departamento promovendo o seu desenvolvimento académico, de modo a assegurar a prossecução das finalidades da ESSA no domínio do ensino, da investigação e da acção externa;
• Gerir os recursos materiais postos à disposição do Departamento;
• Zelar pela conservação e manutenção das instalações e outros bens afectos ao funcionamento do departamento;
• Propor a angariação dos recursos humanos e materiais necessários à actividade do Departamento, seja através da aquisição de bens e serviços, seja através da realização de convénios;
• Elaborar o plano e o relatório anuais de actividades do departamento e submetê-lo à aprovação dos Conselhos de Gestão e Técnico-Científico;
• Propor a designação de responsáveis de cursos ou de projectos, sempre que tal lhes for solicitado em função das necessidades da ESSA.

O mandato dos coordenadores de departamento é de quatro anos, renovável (artigo 38º).